Tetsuro Hoshino, mồ côi bởi người Cyborg, sống trong một khu ổ chuột trong bóng tối của siêu đô thị của họ. Anh ta đánh cắp một chiếc pass cho Galaxy Express 999, và được cứu bởi một người phụ nữ bí ẩn tên là Maitre, một hình ảnh sống của mẹ anh ta đã bị Cyborgs giết chết. Đeo mặt dây chuyền đặc biệt, anh lên đường đến Andromeda, nơi anh có thể có được sự sống vĩnh cửu và trả thù cho cái chết của cha mẹ mình. Trong cuộc phiêu lưu của mình, anh gặp một phòng trưng bày các nhân vật tuyệt vời giúp anh tiêu diệt Ngôi sao ác quỷ Andromeda, người đã trao thân xác máy móc cho những con người giàu có.
Trong tương lai, người ta có thể đạt được sự bất tử bằng cách có được một cơ thể cơ giới. Cô bé mồ côi, Tetsuro đã quá giang trên chuyến tàu vũ trụ Galaxy Express 999 với hy vọng có được một cơ thể người máy để trả thù cho cái chết của mẹ mình. Trên đường đi, anh gặp Matael, người đang nhổ nước bọt của người mẹ đã khuất.
