Da Vinci được Medicis ủy nhiệm để tạo ra một cảnh tượng Phục sinh ở Florence. Sau đó, anh ta được thuê để chế tạo cỗ máy chiến tranh và gặp một người Thổ Nhĩ Kỳ bí ẩn. Nhiệm vụ của Leonardo cho Cuốn sách của những chiếc lá vẫn tiếp tục, và những thiết kế thất bại trong chiến tranh của anh ấy cho Medicis đã gây ra rạn nứt giữa họ. Một điệp viên của Giáo hoàng, Riario, bị Leonardo đánh bại và trở về Rome. Riario thảo luận về thất bại của mình với Giáo hoàng và một tù nhân bí ẩn, trong khi Leonardo tìm kiếm lời giải thích hợp lý cho sự bùng phát của tài sản ma quỷ được đổ lỗi cho Medicis.
Bechhi bị buộc tội làm gián điệp cho Rome và bị bắt; Leonardo tiết lộ vũ khí mới nhất của mình; Quân đội của Florence đối đầu với quân của Rome. Trong một bữa tiệc để tôn vinh mình, Leonardo bị bắt vì tội danh. Piero, người cha ghẻ lạnh của Leonardo, được lệnh bảo vệ con trai mình trước tòa. Sau đó, Leonardo trở thành một thẩm phán hư hỏng trong một buổi biểu diễn cho các hoàng gia đến thăm. The Turk xuất hiện. Manh mối của The Turk về Cuốn sách của những chiếc lá đã dẫn Leonardo đến gặp Vlad Dracula, trong khi Lorenzo và Piero gặp Công tước Urbino. Sau đó, cuộc tìm kiếm gián điệp của Medici tăng cường.